MKV n'est qu'un conteneur il peut y avoir n'importe qu'elle format audio ou vidéo, il permet de gèré facilement les chapitres et les multi bande sons.
Il te faut ouvrir le fichier dans Virualdub et utilisé les focntions fourni pour corriger ce genre de problème
soit un décalage simple soit une décalage se fait rensentir de plus en plus. Il faut dans un premier cas simplement décaler la vidéo par rapport à l'audio, dans le l'autre cas il faut travailler sur le nombre d'image par seconde (si mes souvenirs sont bons je n'ai pas le logiciel sous là main)